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  隨著時(shí)代的發(fā)展，制藥業(yè)正在經(jīng)歷翻天覆地的變化。2018年，一部現(xiàn)實(shí)主義電影《我不是藥神》讓仿制藥的話題引起了人們的關(guān)注。讓我們來看看一組原始的研究數(shù)據(jù)，根據(jù)PharmaIntelligence根據(jù)公司在2021年提供的報(bào)告，在過去的十年里，只有不到10%的藥物能夠順利完成臨床實(shí)踐I，II，III期間實(shí)驗(yàn)，并在NDA/BLA后來獲準(zhǔn)上市。

  那么，作為仿制藥的對(duì)象，原研究藥物的重點(diǎn)是什么呢?原研發(fā)工作風(fēng)險(xiǎn)巨大，投資時(shí)間長，投資成本高，所以所謂的行業(yè)流傳“雙十定律”也就是說，制藥企業(yè)在開發(fā)創(chuàng)新藥物時(shí)，通常需要花費(fèi)超過10億$，開發(fā)周期往往需要十年甚至更長的時(shí)間，從藥物設(shè)計(jì)到臨床實(shí)驗(yàn)，再到申請上市。

  也正因此，大量制藥企業(yè)正在期待利用計(jì)算機(jī)輔助藥物設(shè)計(jì)，降低研發(fā)成本、縮短研發(fā)周期，并最終提高成功率。

  數(shù)字技術(shù)加速新藥研發(fā)

  藥物的研發(fā)一般起始于藥物探索與發(fā)現(xiàn)，隨后進(jìn)行臨床前研究與臨床實(shí)驗(yàn)，在成功后進(jìn)行相關(guān)審批，通過審批的藥物則可以進(jìn)入商業(yè)化生產(chǎn)與藥物銷售流通環(huán)節(jié)。在藥物探索階段，靶點(diǎn)的發(fā)現(xiàn)可謂至關(guān)重要，如果靶點(diǎn)不是創(chuàng)新的，這便不能被稱作一款真正意義上的創(chuàng)新藥。為此，很多制藥企業(yè)選擇與國內(nèi)知名的轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)中心進(jìn)行合作，進(jìn)行臨床數(shù)據(jù)挖掘與生物信息分析。

  早在2017年，瑞金醫(yī)院國家轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究中心已經(jīng)開始著手打造一個(gè)集存、傳、算、用(即：數(shù)據(jù)存儲(chǔ)、數(shù)據(jù)傳輸、數(shù)據(jù)分析計(jì)算和數(shù)據(jù)的整合應(yīng)用)為一體的定制化高密度計(jì)算平臺(tái)——ASTRA。

  ASTRA擁有4000個(gè)CPU計(jì)算核心，存儲(chǔ)系統(tǒng)為總?cè)萘?0PB的高性能并行文件存儲(chǔ)系統(tǒng)，同時(shí)配備了200GB的HDR IB網(wǎng)卡以及15 PetaFLOPS的AI計(jì)算能力。其采用的第三代英特爾® 至強(qiáng)® 可擴(kuò)展處理器更適用于需要兼顧生產(chǎn)和科研的平臺(tái)，能夠靈活滿足相關(guān)需求。同時(shí)，借助英特爾開發(fā)的DAOS(Distributed Asynchronos Object Storage，分布式異步對(duì)象存儲(chǔ))開源文件系統(tǒng)，使得瑞金醫(yī)院的ASTRA系統(tǒng)能夠突破存儲(chǔ)瓶頸，充分發(fā)揮性能，滿足實(shí)時(shí)、高頻和高效的數(shù)據(jù)訪問和處理需求。

  借助這一平臺(tái)，瑞金醫(yī)院針對(duì)某基因組的變異分析耗時(shí)和某腫瘤全基因組分析的時(shí)長都大大降低。通過這樣的提升，此前的很多醫(yī)學(xué)設(shè)想也得以照進(jìn)現(xiàn)實(shí)。

  在瑞金醫(yī)院的技術(shù)應(yīng)用實(shí)踐之外，借助AlphaFold2與GROMACS，科學(xué)計(jì)算在轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)和新藥研發(fā)等領(lǐng)域的關(guān)鍵性驅(qū)動(dòng)作用也愈發(fā)明顯。前者是DeepMind提出的深度神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)蛋白質(zhì)形態(tài)預(yù)測方法，也被稱為迄今為止準(zhǔn)確度最高的蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)預(yù)測模型;后者則是一個(gè)分子動(dòng)力學(xué)軟件包，用于模擬設(shè)計(jì)新藥物的蛋白質(zhì)、脂質(zhì)和核酸。這些模擬為研究人員提供了所需的生物大分子結(jié)構(gòu)信息，以了解結(jié)構(gòu)與功能關(guān)系，用于指導(dǎo)藥物研發(fā)和設(shè)計(jì)過程?；陲@著提升了人工智能與深度學(xué)習(xí)性能的第三代英特爾® 至強(qiáng)® 可擴(kuò)展處理器，輔以英特爾AI套件的轉(zhuǎn)換與優(yōu)化，上述工具突破性地實(shí)現(xiàn)了23倍的性能提升，每日可預(yù)測的蛋白質(zhì)長度從4.56大幅提升至105.35，這也意味著藥物研發(fā)的試錯(cuò)過程能夠被顯著縮短。因此，這一進(jìn)步也在醫(yī)藥行業(yè)大分子藥物研究領(lǐng)域產(chǎn)生了不小的震動(dòng)。

  而在小分子藥物的發(fā)現(xiàn)中，以晶泰科技為代表的本土研發(fā)團(tuán)隊(duì)則更有發(fā)言權(quán)——借助阿里云第七代云服務(wù)器ECS的計(jì)算單元，以及英特爾® oneAPI提供的編譯器數(shù)學(xué)庫和優(yōu)化能力，包括GATK，NAMD，LAMMPS，RELION和GROMACS在內(nèi)的諸多生命科學(xué)領(lǐng)域的前沿應(yīng)用運(yùn)行速度大幅度提升，部分增長高達(dá)60%以上，結(jié)構(gòu)晶體預(yù)測與碳化合物構(gòu)成的研究變得更加容易。對(duì)于晶泰科技們而言，這有助于研究人員更有效地設(shè)計(jì)和評(píng)估新藥，并能夠顯著節(jié)約資源。

  化解隱私安全疑慮

  當(dāng)一種藥物的靶點(diǎn)和化合物，包括化合物優(yōu)化完成后，新藥就已具雛形。不過距離來到患者手中，它還要經(jīng)歷六到七年的臨床試驗(yàn)階段。在臨床藥物試驗(yàn)過程中，第三代英特爾® 至強(qiáng)® 可擴(kuò)展處理器的一種獨(dú)特安全技術(shù)——英特爾® 軟件防護(hù)擴(kuò)展(SGX)——也在簡化和加速流程方面發(fā)揮著重要作用。

  英特爾® 軟件防護(hù)擴(kuò)展(SGX)的核心是一組指令，可提高應(yīng)用代碼和數(shù)據(jù)的安全性，從而為它們提供更好的保護(hù)，以防止泄露或修改。

  2020年7月，國家藥品監(jiān)督管理局發(fā)布了《新冠肺炎疫情期間藥物臨床試驗(yàn)管理指導(dǎo)原則(試行) 》，這意味著通過遠(yuǎn)程智能的臨床實(shí)驗(yàn)，患者可以足不出戶，通過冷鏈配送獲取藥物，同時(shí)利用可穿戴設(shè)備完成數(shù)據(jù)的采集與上傳。在這種情況下，保護(hù)患者隱私與數(shù)據(jù)安全就可能形成一個(gè)巨大的技術(shù)挑戰(zhàn)。

  但現(xiàn)在，情況出現(xiàn)了轉(zhuǎn)機(jī)。英特爾® 軟件防護(hù)擴(kuò)展(SGX)能在CPU的支持下，在內(nèi)存等特定硬件環(huán)境中構(gòu)建出一個(gè)可信安全的飛地。這種飛地獨(dú)立于操作系統(tǒng)、虛擬機(jī)以及BIOS系統(tǒng)之外，也就是說，即便這些比客戶應(yīng)用程序更底層的基礎(chǔ)軟件或系統(tǒng)在惡意攻擊中淪陷，由英特爾® 軟件防護(hù)擴(kuò)展(SGX)技術(shù)生成的飛地也可以通過基于硬件的、增強(qiáng)型的安全防護(hù)更有效地阻斷這些攻擊，盡力避免其中的數(shù)據(jù)或代碼被竊取或篡改。這有助于確保數(shù)據(jù)完整性和隱私，提供了在各方之間安全共享私有信息的工具，并創(chuàng)建一個(gè)協(xié)作、實(shí)時(shí)的臨床信息系統(tǒng)。而基于這一加密計(jì)算能力，阿里云ECS安全增強(qiáng)通用型g7t服務(wù)器持信息以更快、更安全的方式進(jìn)行共享和驗(yàn)證，相關(guān)治療方法可以更快地提供給有需求的人。

  算力加速新藥落地

  多年之后，終于來到新藥上市前的生產(chǎn)與流通環(huán)節(jié)，算力也在持續(xù)提供著加速。

  如今，制藥企業(yè)可以利用機(jī)器視覺替代檢測人員，不僅減少了在整個(gè)生產(chǎn)環(huán)節(jié)的人工成本，更提升了檢測的準(zhǔn)確率與效率。目前，通過阿里云與英特爾等公司的合作，此類應(yīng)用已經(jīng)在部分企業(yè)率先落地。經(jīng)過簡單模型與復(fù)雜特征的多重訓(xùn)練后，機(jī)器視覺與人工標(biāo)注的一致率已經(jīng)高達(dá)98.879%。

  而在最終的藥物流通上，數(shù)據(jù)仍然蘊(yùn)含著大量亟待挖掘的價(jià)值。因此，大量的AI算法應(yīng)運(yùn)而生，藥物需求的預(yù)測正在成為可能。憑借第三代英特爾® 至強(qiáng)® 可擴(kuò)展處理器強(qiáng)大的AI加速能力，以及英特爾在邊緣計(jì)算上的全面布局，藥物流通行業(yè)的參與者們也得以乘上數(shù)字化轉(zhuǎn)型的東風(fēng)，通過邊緣實(shí)時(shí)的計(jì)算進(jìn)行更精準(zhǔn)的預(yù)測，從而制訂更科學(xué)合理的藥物銷售與存儲(chǔ)策略。

  工具的極大豐富與快速迭代使醫(yī)療機(jī)構(gòu)與制藥企業(yè)從數(shù)字技術(shù)中獲得強(qiáng)大的助推力。借助算力與算法誕生的顆顆新藥，也正在為人類的健康提供更堅(jiān)實(shí)的守衛(wèi)。